La loi du 1er juillet 1901 n'impose aucune obligation en matière comptable. Les statuts prévoient généralement que le trésorier rend compte de sa gestion et soumet les comptes à l'approbation de l'assemblée. Pourtant, une association a des relations avec la municipalité, les banquiers, les fournisseurs et les adhérents. Elle a une grande responsabilité envers ses adhérents d'où l'importance d'une organisation comptable fixe. La comptabilité d'une association peut-être consultée par les organismes de contrôle du Fisc, les organismes de subvention, la cour régionale des comptes, les banquiers, les créanciers et la justice en cas de litige. Un plan comptable adapté à l'association est alors indispensable. Il est nécessaire d'élaborer des états financiers (bilan, compte de résultats, suivi des recettes et des dépenses).
Le Conseil National de la Comptabilité, réuni en Assemblée Plénière le 17 décembre 1998, a adopté le plan comptable des associations et fondations. Le préambule précise que ce plan "s'applique aux associations et fondations qui ont l'obligation d'établir ou qui établissent volontairement des comptes annuels comprenant un bilan, un compte de résultat et une annexe formant un tout indissociable".
Pour les petites associations (entre 1000 et 60 000 euros de CA annuel), une comptabilité en partie simple est suffisante. Elles doivent, durant l'année, tenir un livre-journal de recettes et de dépenses. Les pièces justificatives seront conservées. Un logiciel comptable est FORTEMENT conseillé, car il permet de mettre la comptabilité de l'association aux normes voulues par les financeurs.
Les associations qui ont une activité lucrative doivent tenir une comptabilité commerciale comme une société puisqu'elles sont soumises au même régime fiscal. Les associations bénéficiaires de la franchise des impôts commerciaux de 60.000 euros (dont la part lucrative n'est pas prépondérante) au titre des recettes commerciales accessoires doivent:
L'activité économique est plus large que l'activité commerciale ou que l'activité lucrative. Les activités immobilières, libérales, agricoles et artisanales sont des activités économiques. (articles L 612-1 à 612-5 du code de commerce). Ce sont des associations dites d'une "certaine taille". Elles doivent établir un bilan, un compte de résultat et une annexe ainsi qu'un rapport de gestion et désigner un commissaire aux comptes. Elles dépassent deux des trois seuils suivants:
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